在司法领域，澳门拥有全面的自主性。这正显出葡萄牙对 澳门所承担的历史责任--顾及澳门本身现实情况的同时，亦建立和 巩固现代法治社会的模式，体现对基本权利、自由的尊重和保障
保障司法独立是澳门地区管理机构、葡萄牙共和国及中华 人民共和国政府的共同目标。一九八七年签署的中葡联合声明已明 确承认澳门享有独立的司法权和终审权，且保证此一权力只属於将来特别行政区的法院。联合声明内有关司法的章节对这基本政策作这样载明：「法院独立进行审判，不受任何干涉，只服从法律，法官履行职责时享有适当的豁免。」
负责执行审判权和检察职能的司法机关安排方面，基本法规定设三级法院：初级法院数个、中级及终审法院各一。初级法院可设立若干专门法庭，原有刑事起诉法庭的制度继续保留。澳门特别行政区并设立行政法院，不服行政法院裁决者，可向中级法院上诉。
澳门现行的司法制度包括两部份：第一审法院和上级法院。就前者而言，澳门的普通管辖法院拥有司法法院和刑罚执行的权力，而刑事起诉法院则保持预审及初级侦讯的权力。
一九九三年四月之前，举凡澳门第一审法院所作决定的上诉均需上呈里斯本中级法院或最高法院处理，但自此之後，则只需转介於一九九二年三月二日起设立的澳门高等法院作最後裁决。
在行政法范畴内，如在税务和海关事宜方面，澳门高等法院亦有权作出审判，在第一审中，上述权力属行政法院所有。而所有有关行政当局、公共机关和地方自治团体的财政控制之个案，则由按司法组织纲要法所设立的审计法院负责审理。
另一方面，在澳门的司法组织架构图中可见到共和国最高法院仍保持著在本地区的审判权。除里斯本的最高法院外，宪法法院亦有权对立法会所定法规之宪法性及合法性作出审议；最高行政法院可审判有关澳督和各政务司行为方面的上诉；而共和国审计法院则可评审澳门政府与澳门审计法院之间可能出现的分歧。
修改澳门组织章程经本地区行政当局和葡国主权机关双方同意，确保了澳门司法制度的全面自主，并为未来澳门特别行政区 基本法规定设立的终审法院奠定基础。
培训有质素的本地司法人员成为过渡期里一项主要任务。司法组织纲要法使澳门司法制度首次出现双语司法官。澳门大学的法律系在这方面身担要职，因为从一九九三年起，这里已培训出第一批法律学士。与此同时，司法官培训中心在九五年底招收了首批为数十二名的实习生，他们都是澳门人士或来自中国，拥有法律学士学位--有些在澳门或葡国毕业--并懂中文及葡文，这批新法官和检察官已开始接替直至现时一向只从葡国聘请的司法官所担当之职位。
在法律本地化方面，行政当局责任重大。因为由其所制订的法律和法典，构成一个根据联合声明和澳门特别行政区基本法规定的司法体系，可以於一九九九年十二月二十日之後五十年仍然有 效。
在三个半世纪当中所形成的法律现正经历一项复杂工作程序，乃是修改、改编和翻译约三百项法规。这些法规加上五大法典将构成澳门特别行政区在一九九九年十二月二十日後的法律制度基础。
中葡联合联络小组是一个常设谘询机关，成员有来自葡国和中国的政府代表，负责就交来的法规之有效性发表意见，及确保双方间之协议--中方承诺在澳门行政权移交後继续使用该等法规
本地区法律体系的主要法规一直在逐步进行上述程序。新的刑法典已在一九九六年一月一日正式生效，取代有百多年历史的旧法典，成为澳门司法自主目标中一项主要工作，对本地市民现时 及将来的基本权利予以保障和肯定。
透过与中国方面成功协商後，新刑法典明确订定禁止死刑和无期徒刑，巩固了刑事范畴中的人道价值，以致在未来将可保障澳门居民，维持宽容和尊重人权的悠久传统习惯。此外，为保障市民权利和鼓励其参与对其本身有关的程序和决议，执行权通过了行政程序法典，并在一九九五年三月正式生效。
在一九九四年亦颁布了一系列关於新监狱法律制度及新法律援助制度的法规以保障人权。为了加强在刑事诉讼中的个人辩护权，一九九四年起，在第一审法院刑事审讯时采用同声传译制度，由有质素的翻译员负责，回应了长期以来对这方面的需求。
新刑事诉讼法典是本地区司法体系的另一基石，同样为保障个人权利和自由，主要界定了羁押期限，强调无罪推定直至确定判罪为止的原则。目前已就潜逃罪犯的交还和已被判刑犯人的转移 的法规草案进行谘询。
对於其他重要程序的翻译工作一直在进行中。从一九九二年起，所有由澳督发出的规范性行为都以本地区两种官方语言公布；对澳门组织章程生效後获通过而还没有中译本的所有本地法规，现正进行翻译工作。与此同时，并透过传播机构在学校或社团内、以中文推广法律知识，在外地--主要在中国学术或司法机构内--推介澳门法律制度来补充这方面的工作。
得注意的是有关公民权利与政治权利及经济、社会、文化权利等联合国公约延伸到澳门，根据基本法有关条文订明，其有效期将跨越一九九九年。这些国际协议令澳门与其他国际组织建立 联系并受到多边法律文件所保障
澳门加入联合国教育、科学、文化组织是其加入国际组织及协议的过程中重要的一环，是进一步落实联合联络小组议程的其中一项工作，尤其是有关本地区加入一些著名国际组织的工作。除了联合国教科文组织外，澳门亦透过加入世界贸易组织（其前身为关税及贸易总协定）、国际海事组织、世界旅游组织、世界卫生组织、世界气象组织、海关合作理事会、亚太区经济社会理事会及家 庭组织国际联盟，以达到这一目标。
澳门亦签署数项葡国亦参与的国际协议，这些协议将於一九九九年十二月二十日後继续生效，在这一前提下，值得注意的是有关公民权利与政治权利国际公约和人权国际公约，在中葡联合联络小组一九九二年协议下，延伸至澳
虽然中国并非公民及政治权利和经济、社会及文化权利国际公约的签署国，但按照联合声明所订定，一些北京没有参与但已於澳门生效的国际协议，只要经联合联络小组预先通过，即可於一九九九年十二月二十日後继续生效。澳门在一九九二年签署了与欧盟之间的贸易合作协议，籍此巩固本地区一直担任的连系东西方的历史角色
是近年来澳门经协商後所参加的国际协议：－－国际海事组织设立性协约（１９９２）－－保护臭氧层维也纳公约（１９９３）－－澳门与欧盟贸易合作协议（１９９２）－－葡国与澳洲引渡协议（１９９５） 此外，澳门一直以来亦有签署有关民航、邮政电讯服务、著作权、工业产权、国际劳工组织、禁毒工作、司法合作及人权等范畴的国际性协议
关於人权方面值得注意的协议包括：一九六五年的有关消除所有种族歧视的联合国协议；有关就业及工作上歧视的第１１１号协议；一九七九年有关消除所有对女性歧视的联合国协议；一九六零年反教育歧视巴黎公约；一九八九年有关儿童权利的联合国协议；一九八四年有关反对残暴、不人道或损害尊严等方式的对待、 折磨或惩罚的联合国协议。
最後，亦需提到反贪污暨反行政违法性高级专员公署一直以来所担当的重要工作，而打击贪污及反行政违法工作一向在澳门 行政当局整体政策中占一重要位置。
内部仲裁制度亦获有关方面的共识而拟定，使澳门拥有一 个轻微案件法院
|